Część wodna w większości zbiorników nie musi być bardzo głęboka – w większości przypadków wystarczy 150-200 mm, chociaż większe żółwie mogą wymagać znacznie więcej. Niektóre żółwie wodne, szczególnie żółwiaki, lubią kopać w dnie zbiornika; umieszczamy im warstwę piasku głębokości około 30-40 mm, co wychodzi naprzeciw ich naturalnym potrzebom. Przy okazji - nie jest prawdą, że żółwie wodne powinny być trzymane tylko w wodzie o głębokości nie przekraczającej ich długości; na wolności są znajdowane w wodach o głębokości kilku stóp, a moje własne żółwie świetnie radzą sobie w stawie o głębokości ponad 2 stóp (ponad 60 cm). Największym problemem w utrzymywaniu żółwi w niewoli jest higiena wody. Żółwie wodne są niechlujne przy jedzeniu i nawet dla małego gatunku w skromnym akwaterrarium będzie potrzebna silna filtracja.

Obecnie za najlepsze uważa się zewnętrzne filtry kubełkowe, w których jako materiał filtracyjny wykorzystywana jest gąbka; w naszych własnych zbiornikach wodnych używamy Fluvala model 403 lub jego odpowiedniki producentów takich jak Eheim lub Magnum. Zapewniają one dobrą cyrkulację wody i wysoki stopień czystości wody. Nie ma nic gorszego niż brudna woda u żółwia – stanowi zagrożenie dla zdrowia nie tylko żółwi, ale także – potencjalnie – dla właścicieli. Ma także bardzo brzydki zapach i jest nieprzyjemna. Używaj skutecznego filtra, a nie tylko utrzymasz wodę w kryształowej czystości, ale także zredukujesz swoją pracę fizyczną i monotonne, częste zmiany wody.

Warto zauważyć, że rzeczą wymaganą w hodowli żółwia wodnego jest dobra jakościowo, mechaniczna i biologiczna filtracja. Zanieczyszczeń, które trzeba usunąć jest o wiele więcej niż u ryb i mogą one szybko zapchać filtr wyposażony w "watę" (`wool'), co jest standardem w większości filtrów przeznaczonych do ryb. Lepiej wyjąć ten materiał i w zamian włożyć dodatkową gąbkę lub jakiś porowaty środek filtrujący (coarse granular media), które są lepiej przystosowane do warunków trzymania żółwia wodnego.

W naszych mniejszych zbiornikach z żółwiami wodnymi z powodzeniem stosujemy filtry wewnętrzne. Są one szczególnie bezpieczne dla świeżo wyklutych i małych żółwi, które mogą źle się czuć w zbyt silnym wirze wody wytworzonym przez filtr o zbyt dużej mocy. Jeśli gąbka się zapcha resztkami, łatwo jest je usunąć przez szybkie przepłukanie i ponowne włożenie gąbki. Powinno się to robić regularnie lub gdy zauważymy zmniejszenie przepływu wody spowodowane nagromadzeniem resztek.

Ważną sprawą jest także, żeby woda w zbiornikach i stawach była dobrze natleniona. Pomaga to utrzymać bakterie, które żyją w filtrach i żywią się resztkami, w szczytowej formie. My instalujemy kilka kamieni napowietrzających w naszych zbiornikach i stawach, by wspomagać napowietrzanie.

Kolejną metodą zapobiegania brudnej wodzie jest posiadanie osobnego zbiornika do karmienia; jednakże jest to procedura bardzo czasochłonna, często niechlujna i oczywiście wymagająca napełniania i opróżniania osobnego zbiornika lub misy przy każdym karmieniu. Szybko staje się to nie mile widzianą harówką, która poza tym, że pozwala uniknąć przekarmienia i zaopatrzenia się w dobry filtr do głównego zbiornika, jest całkowicie niepotrzebna. Nie popieram także pomysłu oddzielnego zbiornika do karmienia, ponieważ niezmiennie pociąga za sobą dodatkowe manipulacje z żółwiem, co może powodować stres.